Naruto Shippuuden ist die Fortsetzung des Anime. Im Manga findet diese Trennung nicht statt. Die Story verläuft ab Band 28 einfach weiter. Der alternative Titel lautet: “Naruto Hurricane Chronicles”, welcher schon auf die möglichen neuen Fähigkeiten von Naruto hindeutet: Die Kraft des Windes nutzen...
Im Anime folgt eine zusätzliche Presequel aus den späteren Mangakapiteln. Naruto und Sakura treffen erst mal´s wieder auf Sasuke, nachdem dieser sich Orochimaru zu Ende der ersten Staffel freiwillig angeschlossen hatte.
Nach diesem kurzen Ausscchnitt, setzt der Anime nahtlos mit der Wiederkehr der beiden Charaktere fort.
Es vergehen 2 Jahre nachdem Naruto und Jiraya Konohagakure zum Trainieren verlassen.
Zunächst trifft Naruto auf seine alten Freunde und andere damalige Genin. Überrascht von der äusserlichen Entwicklung in den vergangenen Jahren, erkennen sich die Charaktere meist erst auf den zweiten Blick.
Die Feinde in der neuen Staffel sind hauptsächlich Mitglieder von Akatsuki, welche mit ihren Operationen beginnen. Ihr erster Angriff trifft Suna Gakure, um den Jinchuuriki-Kazekage Gaara zu entführen. Der Grund ist der versiegelte, einschwänzige Jinchuriki in ihm.
Besondere Neuheiten der zweiten Staffel:
Opening 2: “Heros´s come back”'' (Movie 4 Spezial)''
Opening 3: “Long Short Party”
Ending 2: “To you All”
Ending 3: “To you All”'' (Movie 4 Spezial)''
Ending 4: “Kimi Monogatari”