Kabuto ist wie sein Teamkammerad Yoroi ein Spion Orochimarus. Er leitet unterandenem den Angriff gegen Konoha und ist Orochimarus rechte Hand.
Eigentlich besitzt er den Rang eines Genins, ist jedoch als wesentlich stärker einzuschätzen. Er hat bereits zum siebten Mal die Chuninauswahlprüfung nicht bestanden, allerdings hat er immer vor der dritten Runde freiwillig aufgegeben. Trotzdem kann Kabuto sogar Kakashi paroli bieten.
Als kleiner Junge wurde er nach einer Schlacht vom Sanitätstrupp Konohas ausgelesen und der Chef des Sanitätstrupps hat ihn bei sich aufgenommen. Deswegen besitzt Kabuto einiges Talent im Bereich Medizin.