Naruto ist bei Nagato angekommen und starrt ihn nun wütend an. Er erinnert sich an die Bilder, die er gesehen hat, als er sich den Chakra-Receiver von Pain in die Hand gestochen hat, sieht die leblosen Körper seiner beiden Meister. Nagato will wissen, ob Naruto ihn hasst und sich an ihm rächen will. Als Konan daraufhin meint, dass sich nichts ändern wird, wenn Naruto Nagato tötet und er sich dadurch nur besser fühlen wird, kommen Naruto die Erinnerung an die Worte von Pain und seinem Vater hoch, doch er schweigt. Nagato meint daraufhin, dass Naruto nichts tun könne, er könne ihm ja nicht einmal eine Antwort auf seine Frage geben, weshalb er als Opfer fungieren soll, damit er auf seine Weise die Welt verändern kann.
Er greift Naruto mit einem der Stäbe an, die aus seinem Körper ragen, doch dieser lässt sich treffen und versucht gar nicht erst, dem Angriff auszuweichen. Nagato meint, dass er ihn aus dieser geringen Entfernung mit Leichtigkeit kontrollieren kann und er ihm keine lebensgefährliche Wunde zugefügt hat, weil er ihn schliesslich zur Erfüllung seines Plans braucht. Naruto hingegen starrt ihn hasserfüllt an und der Eremiten-Modus verbindet sich mit dem Chakra des Kyuubi, weshalb Nagatos Chakra abgewiesen und die Kontrolle gebrochen wird. Naruto erklärt ihm, dass er nur gekommen ist, um mit ihm zu reden, weil es eine Sache gibt, die er herausfinden wollte. Er wollte wissen, wie er sich fühlen wird, wenn er ihn sieht.
Als Naruto sich den Stab aus dem Körper zieht, gesteht er Nagato, dass er ihm nicht vergeben kann und dass er so sehr den Wunsch danach verspürt, ihn zu töten, dass er schon kaum noch seinen eigenen Körper unter Kontrolle hat. Er greift Nagato an und Konan stellt sich sofort schützend vor ihn, doch schafft Naruto es im letzten Moment noch, sich wieder zu beherrschen und stoppt seinen Angriff. Er meint, dass Jiraiya zu ihm gesagt hat, dass irgendwann der Tag kommen wird, an dem die Menschen einander verstehen werden. Traurig erklärt er, dass er ihm gar nicht richtig zugehört hat, als er ihm das gesagt hat. Er war nur stolz, dass Jiraiya ihm so sehr vertraut hat, aber hat erst jetzt begriffen, was er eigentlich gemeint hat und welch wichtige Aufgabe er ihm übertragen hat.
Nagato meint jedoch gelassen, dass diese Erkenntnis nichts daran ändert, dass Naruto ihm nicht vergeben kann. Jiraiyas Vorstellungen sind unrealistisch und es wäre unmöglich für Naruto, noch daran zu glauben, nachdem er die Schmerzen der Wahrheit nun erkannt hat. Dieser deaktiviert den Eremiten-Modus wieder und möchte von Nagato noch eine Sache wissen, wie er zu dem geworden ist, was er ist, obwohl er auch einmal ein Schüler von Jiraiya war. Pain ist gespannt, wie Naruto darauf reagieren wird, darum willigt er ein und erzählt ihm seine Geschichte: Der erste Ursprung seines Leidens war der Tod seiner Eltern. Als der Krieg in Ame herrschte, griffen ihn und seine Eltern Konoha-Ninja an, weil Nagato unvorsichtig gewesen war. Nachdem seine Eltern getötet worden waren, stellte er sich den Ninja alleine entgegen…