Itachi und Nagato stehen Killer Bee und Naruto nun gegenüber. Auf Nagatos Bemerkung hin, dass Naruto sich seit ihrem letzten Treffen verändert habe, erklärt er diesem, dass er es geschafft hat das Chakra des Kyuubis zu kontrollieren. Dies überrascht Itachi, Nagato allerdings nicht, da er weiss, wie fähig ihr gemeinsamer Lehrer, Jiraiya, war. Auf eine weitere Frage, die Nagato stellt, nämlich die, ob Naruto seinen Hass besiegt hat, bedankt sich Naruto bejahend bei ihm und Killer Bee und allen anderen, die ihn unterstützt haben, und gibt zu, dass er ohne ihre Hilfe nie so stark hätte werden können. Nun möchte Itachi eine Frage stellen. Andernorts aktiviert Kabuto ein Siegel woraufhin Itachi und Nagatos gezwungen werden anzugreifen. Itachi setzt sein Feuer-Jutsu frei, doch Killer Bee kann die Flammen mit einem einzigen Schlag mit Samehada teilen. Itachi ist sehr verwundert, er stellt fest, dass Kisame wohl auch tot sein muss. Daraufhin wird Naruto von Itachi attackiert und fragt ihn, was aus Sasuke geworden sei.
Schockiert muss Itachi mitanhören, wie Naruto ihm erklärt, dass Sasuke Akatsuki beigetreten ist und vor hat Konoha zu zerstören, nachdem er die Wahrheit über Itachis geheime Mission erfahren hat. Weiteres erfährt Itachi, dass Madara es war, der Naruto und Sasuke die Wahrheit über ihn erzählt hat. Naruto erzählt weiter, dass die Ziele Itachis nicht interessiert. Itachi bittet Naruto, dieses Wissen über seine geheime Mission niemanden weiter zu sagen, weil er hoffe, dass sich irgendwann mal der Uchiha-Clan wieder ebenbürtig aufbauen kann.
Plötzlich beschwört Nagato seine Vertrauten Geister und greift Naruto an. Naruto kann die Angriffe abwehren, während Itachi sich hinter Killer Bee schleicht und diesen mit Feuer-Kunais angreift. Killer Bee fängt diese Kunai mit seiner Hachibi-Hand ab und fesselt Itachi mit einem seiner Tentakel. Dieser Itachi war jedoch nur eine Illusion, woraufhin der Echte Itachi den Tipp gibt, ihm nicht direkt in die Augen zu schauen. Derweil wendet Naruto an Nagatos Beschwörung-Tier ein riesiges Rasengan an. Itachi aktiviert in seinem rechten Auge das Mangekyou Sharingan. Naruto warnt sofort Killer Bee, dass er sich vorsehen solle, denn wenn er von Amaterasu oder Tsukuyomi getroffen wird, sei es vorbei. Doch plötzlich bewirkt Itachi, dass die Krähe, die er eins Naruto gab, wieder herauskommt. Diese hat in ihren Augen ein völlig neues Mangekyou-Sharingan!