Nachdem sich die Krähe vollständig aus Narutos Körper entfernt hat, erinnert sich dieser an eine die frühere Begegnung mit Itachi, bei der er Naruto die Krähe anvertraute und gehofft hat, dass dieser sie nie benutzen werde. Nagato versucht Naruto zu warnen, dass Itachi im Begriff ist, Amaterasu einzusetzen. Bee schleudert eines seiner sieben Schwerter in Richtung Itachi, doch Nagatos Körper gehorcht den Befehlen von Kabuto und wehrt so den Angriff mit Shinra Tensei ab. Doch Amaterasu wird in einer Art und Weise von der Krähe abgewehrt. Itachi erklärt, dass es ein Gen-Jutsu über das Kuchiyose: Edo Tensei sei, welches er gelegt hat. Die Wirkung von Edo Tensei wurde somit aufgehoben. Itachi erklärt weiter, dass er damals das linke Mangekyou-Auge von Shisui Uchiha in die Krähe implantiert hat. Jedoch nach Ausführung des Gen-Jutsus ist das Mangekyou Sharingan im Auge der Krähe verschwunden. Naruto fragt Itachi, warum er von ihm dieses Auge erhalten hat, worauf Itachi antwortet, dass ihm Shisui einst gelehrt habe, dass ein wahrer Shinobi jemand sei, der aus dem Schatten heraus sein Dorf beschützt.
Weiters sagt Itachi, dass Shisui ihm sein Auge gegeben hat, in der Hoffung, dass er es verwenden würde, um das Dorf zu beschützen. Nun benutzt Itachi ein weiteres Mal Amaterasu, allerdings trifft er nicht Naruto, sondern Nagatos Kuchiyose-Tier. Während Kabuto realisiert, dass Itachi sich der Kontrolle durch Edo Tensei widersetzen kann, geht Nagato ebenfalls durch Amaterasu in Flammen auf. Naruto fragt, weshalb er ihn die Kraft der Krähe anvertraut hat. Woraufhin Itachi meint, dass er in ihm dieselben Ideale sieht wie in Shisui. Naruto bedankt sich und meint, dass Itachi sich nicht mehr Sorgen machen soll, da er bereits genug für Konoha getan hat. Itachi glaubt, dass Sasuke seine Augen transplantieren würde, um das Ewige Mangekyou Sharingan zu erlangen , würde er es in einem Kampf mit Naruto aktivieren, wäre die Krähe erschienen und hätte ein Genjutsu auf Sasuke gelegt . Das war Itachis Plan. Nun schaltet sich Nagato wieder ein, der sich durch Shinra Tensei von den Flammen Amaterasus lösen konnte und auf Killer B losgeht. Dieser wechselt in den Bijuu-Modus und kontert Nagatos Angriff. Doch Nagato kann Killer Bees Chakra aussaugen, woraufhin seine Haare sich wieder rot färben. Naruto versucht zu helfen, doch wird selbst zum Opfer, da Nagato diesen sich schnappt und die Technik von Ningendou (Pains Seelen-Entfernungs-Jutsu) anwendet.