Nagato kann nun alle Pain-Techniken selber anwenden und braucht dazu keine Leichen mehr. Als Naruto sich mit einem Rasengan befreien versucht, wird es von Nagato aufgesaugt. Nagato setzt nun die Fähigkeit von Jigokudou, Pains Höllenstatuen-Jutsu ein. Der Sinn dahinter ist, dass Kabuto plant, die beiden Jinchuuriki vorerst mit Ningendou zu töten und sie dann mit Jigokudou wiederzubeleben. Killer Bee versucht Naruto zu helfen, doch dies gelingt ihm nicht, weil Nagato diesen mit dem Pfad des Shurados überwältigt. Kurz bevor er einen Laserstrahl auf Killer Bee abfeuern kann, werden dieser und Naruto von Itachis Susanoo gerettet. Daraufhin wendet Nagato Chibaku Tensei an. Von der starken Anziehungskraft des Chibaku Tensei werden sie angezogen.
Itachi stellen fest, dass der einzige Weg das Jutsu zu beenden der sei, die schwarze Sphäre, die das Zentrum des Chibaku Tensei bildet, zu zerstören. Um dies zu bewirken feuern alle drei eines ihrer stärksten Jutsu in Richtung Chibaku Tensei ab. Naruto setzt „Futon: Rasengshuriken“ ein, Killer Bee die „Bijuu-Bombe“ und Itachi das Yasaka no Magatama mit Hilfe von Susanoo. Schliesslich wird das Jutsu vernichtet und die Kugel zerstört. Daraufhin sticht Itachis Susanoo Nagato mit dessen Totsuka no Tsurugi, worauf dieser wieder volles Bewusstsein erlangt. Itachi bittet Nagato um einige letzte Worte, da er seine Seele gleich versiegeln würde. Nagatos letzte Worte sind an Naruto gerichtet. Er sagt, dass er nun dahin zurückkehren werde, wo ihr Meister auf sie wartet und dass er gespannt sei, wie Narutos Geschichte enden würde. Er erachtet sich auf Grund seiner ehemaligen Ideale als Fehlschlag und bittet Naruto darum, dies zu kompensieren und den Krieg zu entscheiden.