Nachdem Killer Bee gefangen genommen und mit der Versiegelung des Hachibi begonnen wurde, hat Pain den Angriff auf Konoha gestartet. Nur die sechs Wege von Pain und Konan sollten an diesem Angriff teilnehmen, der dazu diente, Konoha zu schwächen und Naruto gefangen zu nehmen, um so auch noch das letzte Bijuu versiegeln zu können. Als die Angreifer vor den Toren von Konoha angekommen sind, teilen sie sich in zwei Gruppen auf und dringen durch eine besondere Technik, bei der eine Inkarnation die anderen für kurze Zeit in eine andere Dimension schickt, in Konoha ein. Da sie so die Wachen haben glauben lassen, dass es sich nur um einen Angreifer handelt, konnten sie in Ruhe ihrem Plan nachgehen...
Dieses Team besteht aus den Inkarnationen der Dämonen, der Tiere und des hungrigen Geistes. Da sie mit ihren Fähigkeiten am besten dazu geeignet sind, für Aufruhr zu sorgen, sind sie es, die die Ninja von Konoha ablenken sollen, damit das andere Team in Ruhe Informationen sammeln kann. Während die Inkarnation der Dämonen diese Aufgabe mit den aus seinem Körper entstehenden Waffen erfüllt, greift die Inkarnation der Tiere mit ihren Beschwörungen an und sorgt so schnell für ein grosses Chaos.
Das zweite Team besteht aus den Inkarnationen der Hölle, der Menschen und des Gottes, sowie aus Konan. Ihre Aufgabe ist es, während das erste Team in Konoha für Aufregung sorgt, nach Informationen zu Naruto und seinem Aufenthaltsort zu suchen. Während die Inkarnation des Gottes sich darauf konzentriert, höherrangige Ninja zu befragen, wählen die anderen Inkarnationen und Konan ihre ganz eigenen Wege, wobei sie über einen langen Zeitraum hinweg unerkannt bleiben. Erst als sich die Inkarnation des Gottes Kakashi in den Weg stellt, fallen ihre Aktionen auf.
Während Konoha von den verschiedenen Inkarnationen terrorisiert und zerstört wird, bleiben natürlich auch die Ninja des Dorfes nicht untätig. Alle Mediziner versammeln sich im Krankenhaus, um den Verletzten zu helfen, die Zivilisten werden in das Bergmonument evakuiert und die restlichen Ninja kämpfen gegen die einzelnen Inkarnationen. Tsunade tut als Hokage ebenfalls ihren Teil und beschwört Katsuyu, die sich an jeden Bewohner von Konoha heftet und so dafür sorgt, dass diese am Leben bleiben und man untereinander kommunizieren kann. So dauert es nicht lange, bis jede der Inkarnationen es mit einem starken Gegner zu tun hat und erstmal von seiner Mission abgehalten wird. Gleichzeitig sind aber auch die passiveren Gruppen nicht untätig. Während Shikamaru, Shikaku und Shiho weiterhin über die Bedeutung des Codes nachdenken, entschlüsselt Inoichi die Gedanken des Ninja, den Jiraiya ihnen überführt hatte. Auch die Ninja, die gegen die Inkarnationen kämpfen, versuchen, deren Fähigkeiten so gut es geht zu entschlüsseln und diese den anderen über Katsuyu mitzuteilen, um so für alle Vorteile heraus zu schlagen. In der Zwischenzeit hat es auch Shizune geschafft, das Geheimnis der verschiedenen Inkarnationen zu entschlüsseln, doch ist sie das wichtigste Ziel Pains, da sie anscheinend die Informationen besitzt, die zu seiner Niederlage führen könnten...
Nachdem die Inkarnation des Gottes erfahren hat, dass sich Naruto am Myoubokuzan befindet, will er den Angriff erst abbrechen und sich dorthin aufmachen. Als Tsunade ihn aber konfrontiert und ihm vorwirft, dass er allen nur Kummer und Leid bringt und es nicht wagen darf, von Frieden zu sprechen, wird er wütend und sammelt all seine Kräfte. Konan bringt schnell die anderen Inkarnationen in Sicherheit, indem sie diese ausserhalb des Dorfes bringt, bevor Pain sein Shinra Tensei in der stärksten Variante einsetzt. So schafft er es, einen Grossteil von Konoha einfach dem Erdboden gleich zu machen, fast so, als hätte er eine riesige Bombe im Zentrum der Stadt gezündet. Zwar konnte Tsunade alle Bewohner retten, indem sie ihr Siegel gelöst und mit dem gesammelten Chakra Katsuyu geholfen hat, doch ist das Dorf nun fast vollständig zerstört und die Bewohner sind zu verletzt, um sich noch weiterhin zu wehren...