Wir folgen der fesselnden Geschichte eines Jungen aus Konohagakure, dessen Ehrgeiz es ist, trotz aller Herausforderungen, denen er sich stellen muss, ein verehrter Ninja zu werden. Als wir in seine Geschichte eintauchen, stellen wir fest, dass seine Einschränkungen auf einen außergewöhnlichen Umstand zurückzuführen sind - er ist das Gefäß für einen neunschwänzigen Fuchsdämon, der als Kyūbi bekannt ist. Unbeirrt verfolgt Naruto das Ziel, den prestigeträchtigen Titel des Hokage zu erlangen, der seine Handlungen während der gesamten Erzählung bestimmt.
Die Handlung verdichtet sich, als Naruto, der darum kämpft, die Abschlussprüfung der Ninja-Akademie zu bestehen, von einem abtrünnigen Ninja namens Mizuki getäuscht wird. Angelockt von dem Versprechen, ein Ninja zu werden, stiehlt Naruto eine geheime Schriftrolle für Mizuki, nur um dessen verräterische Absichten zu entdecken. Der darauf folgende Konflikt zwischen Narutos Mentor Iruka und Mizuki bringt den Protagonisten an seine Grenzen und führt schließlich zu Mizukis Niederlage und Narutos Beförderung zum Genin.
Im Laufe der Geschichte entwickeln sich Narutos Beziehungen, insbesondere zu seinem neuen Freund Konohamaru Sarutobi, dem Sohn des Dritten Hokage. Diese Bindung führt dazu, dass Naruto die Rolle eines Lehrers übernimmt, der ihm seine charakteristische Hāremu no Jutsu-Technik beibringt. Trotz des Widerstands von Konohamarus Mentor Ebisu bleibt Naruto standhaft und verdient sich schließlich den Titel eines Vorbilds für Konohamaru.
Narutos Reise nimmt eine weitere Wendung, als er sich einer Überlebenstrainingsprüfung unterziehen muss, um offiziell ein Genin zu werden. Zusammen mit seinen Teamkollegen Sakura Haruno und Sasuke Uchiha stehen sie vor der gewaltigen Herausforderung, ihren zukünftigen Sensei Kakashi Hatake zu überlisten. Durch eine Reihe von Missgeschicken gelingt es dem Trio schließlich, Genin zu werden und Team 7 zu bilden.
Team 7 begibt sich auf eine aufregende Reise mit einem scheinbar einfachen Auftrag: Sie sollen Tazuna, einen Brückenbauer, zurück in seine Heimat, das Reich der Wellen, eskortieren. Unerwartet wird die Mission immer gefährlicher, als zwei bedrohliche Ninjas, bekannt als Onikyōdai, versuchen, Tazuna zu ermorden. Glücklicherweise gelingt es Kakashi und Sasuke, diese Gegner zu besiegen.
Im weiteren Verlauf ihres Abenteuers trifft das Team auf einen furchterregenden Ninja namens Zabuza Momochi. Nach einem erbitterten Kampf ist Zabuza besiegt, aber nicht für lange, denn schon bald taucht er mit seinem Verbündeten Haku wieder auf. Sasuke und Naruto müssen sich Haku stellen, Kakashi kämpft gegen Zabuza und Sakura verteidigt Tazuna - das Team wird auf eine harte Probe gestellt.
Während des Kampfes mit Haku erwacht Sasukes Sharingan-Fähigkeit, doch auch mit dieser neu gewonnenen Kraft kann er nicht über Haku triumphieren und wird schließlich überwältigt. Im Glauben, Sasuke sei tot, erwacht Narutos schlafende Kyūbi-Kraft, hüllt ihn in rotes Chakra und ermöglicht ihm, Haku zu besiegen. Angesichts seines eigenen Untergangs wünscht sich Haku, Naruto möge seinem Leben ein Ende setzen. Doch als Haku sieht, dass Kakashi kurz davor ist, Zabuza zu besiegen, opfert er sich, um seinen Meister zu retten, und überlässt Zabuza seinem Auftraggeber Gateau, der von einer Gruppe von Kopfgeldjägern bewacht wird.
Obwohl Zabuza tödlich verwundet ist, gelingt es ihm, Gateau auszuschalten, bevor dieser seinen eigenen Verletzungen erliegt. Am Ende wird die Brücke erfolgreich fertiggestellt und Tazuna nennt sie aus Dankbarkeit für Narutos Bemühungen " Die große Naruto-Brücke".
Als die jährliche Chūnin-Auswahlprüfung ansteht, versammeln sich zahlreiche Ninjas in Konoha, um daran teilzunehmen. Die erste Stufe der Prüfung ist ein schriftlicher Test, der vom strengen Prüfer Ibiki Morino abgenommen wird. Er legt die Regeln für die Genin fest: Zehn Fragen müssen beantwortet werden, für jede falsche oder nicht beantwortete Frage gibt es einen Punkt Abzug. Wer von einem anderen Ninja abschreibt, bekommt zwei Punkte abgezogen. Da mehrere erfahrene Ninjas anwesend sind, um den Raum zu überwachen und Schummeleien zu verhindern, stehen die jungen Genin vor einer großen Herausforderung.
Aufgrund der Schwierigkeit der Fragen ist Naruto nicht in der Lage, eine zu beantworten, während Sasuke die wahre Absicht der Prüfung aufdeckt. Von den Teilnehmern wird erwartet, dass sie trotz der wachsamen Augen der Monitore diskret die Antworten der anderen kopieren. Die Genin müssen ihre Jutsu einsetzen, um die Antworten heimlich zu erhalten, oder sich auf ihr eigenes Wissen verlassen, um die Aufgaben zu lösen.
Vor der letzten und wichtigsten Frage führt Ibiki noch strengere Regeln ein, woraufhin einige Teilnehmer den Raum verlassen. Als die Zeit abläuft, verkündet er, dass alle, die durchgehalten und nicht aufgegeben haben, bestanden haben. Mit Entschlossenheit und Ausdauer geht Team 7 in die nächste Phase der Prüfung.
Nach erfolgreichem Abschluss des ersten Teils der Chūnin-Auswahlprüfung treten die Genin zum zweiten Teil an, der von Anko Mitarashi abgenommen wird. Die Teilnehmer werden in die Regeln eingewiesen: Jedes Team erhält entweder eine Erd- oder eine Himmelsschriftrolle und muss im Wald des Schreckens die jeweils andere Schriftrolle der gegnerischen Teams finden. Ziel ist es, mit beiden Schriftrollen einen zentralen Turm zu erreichen.
Naruto und sein Team nehmen die Herausforderung an und treffen auf ihrer Reise im Wald auf den finsteren Orochimaru. Er markiert Sasuke mit dem Fluchzeichen, indem er ihn in den Nacken beißt, woraufhin Sasuke das Bewusstsein verliert. Auch Naruto wird im Kampf gegen die Schlangen ohnmächtig und überlässt es Sakura, sich um ihre Teamkameraden zu kümmern. Während sie sich um ihre Freunde kümmert, wird Sakura von Dosu, Zaku und Kin angegriffen. Trotz ihrer Bemühungen wird sie überwältigt und auch die Versuche von Rock Lee und Team 10, ihr zu helfen, sind gegen die Oto-Nin erfolglos.
Sasuke erwacht schließlich, sein Fluchzeichen ist aktiviert und er zeigt außergewöhnliche Kräfte, die es ihm ermöglichen, ihre Gegner zu besiegen und Zaku die Arme zu brechen. Mit Kabutos Hilfe erobert Narutos Team beide Schriftrollen und triumphiert in der zweiten Phase der Chūnin-Auswahlprüfung.
Aufgrund einer ungewöhnlich hohen Zahl von Kandidaten können die Endkämpfe der Chūnin-Auswahlprüfung nicht wie geplant stattfinden. Stattdessen werden Ausscheidungskämpfe abgehalten, um das Feld der Genin-Anwärter einzugrenzen. Sasuke, Sakura und Naruto treten jeweils gegen ihre eigenen Gegner an: Sasuke besiegt Yoroi Akadō, Naruto besiegt Kiba Inuzuka und Akamaru knapp, während Sakura und ihre Rivalin Ino ein Unentschieden erreichen. Weitere Finalisten sind Shino Aburame, Kankurō, Shikamaru Nara, Temari, Gaara, Neji Hyūga und Dosu Kinuta. Dosu wird jedoch von Gaara getötet, bevor das Finale beginnen kann.
Vor dem Finale gibt es eine dreimonatige Pause, in der sich die Kandidaten vorbereiten können und die Anführer und Könige der anderen Reiche anwesend sind. In dieser Zeit verfeinern die Genin ihre Fähigkeiten und entwickeln Strategien. Kakashi trainiert Sasuke und bringt ihm die Chidori-Technik bei, während Naruto zunächst mit Ebisu trainiert. Als Naruto auf Jiraiya trifft, überredet er den widerwilligen Mentor, ihn zu trainieren.
Jiraiya beginnt damit, Orochimarus Gogyō Fūin zu lösen, wodurch Naruto Zugang zum Kyūbi-Chakra erhält. Dann lehrt er Naruto das Kuchiyose no Jutsu, das Naruto nach mehreren Versuchen beherrscht. Obwohl Gamabunta, die Riesenkröte, Naruto zunächst nicht akzeptiert, versucht er, die Kreatur für sich zu gewinnen, indem er einen Tag auf ihrem Rücken verbringt. Leider gelingt es Naruto nicht und er landet im Krankenhaus, wo Gaara versucht, Rock Lee zu töten. Shikamaru und Naruto greifen gerade noch rechtzeitig ein, gefolgt von Guys Ankunft, woraufhin Gaara mit der Warnung abzieht, er werde Naruto und Shikamaru töten.
Die letzte Runde der Chūnin-Auswahlprüfung findet in der Chūnin-Arena statt, in der der Hokage, der Kazekage und die Anführer der anderen Länder anwesend sind. Im ersten Kampf besiegt Naruto Neji Hyūga mit einer klugen Taktik. Shikamaru Nara wendet im zweiten Kampf ebenfalls einen Trick an, um Temari zu besiegen, gibt aber wegen seines erschöpften Chakras auf, was zum Sieg von Temari führt. Kankurō gibt vor dem dritten Kampf gegen Shino Aburame auf, um seine Kampfstrategien nicht zu verraten. Der letzte Kampf zwischen Sasuke Uchiha und Gaara wird unterbrochen, als Sunagakure und Otogakure einen Angriff auf Konoha starten.
Der Kazekage entpuppt sich als Orochimaru, der die Kontrolle über den Hokage an sich reißt und ihn herausfordert. Konoha sieht sich einem massiven Angriff von Suna- und Otonin-Truppen gegenüber, unter denen sich auch eine riesige dreiköpfige Schlange befindet. Jiraiya besiegt die Schlange, während die Ninjas Konohas gegen den Rest der Feinde kämpfen. Im Kampf zwischen dem dritten Hokage und Orochimaru werden die ersten beiden Hokage gerufen, woraufhin Sarutobi Enma herbeiruft.
Währenddessen verfolgt Sasuke Kankurō, Temari und Gaara, die versuchen, aus dem Reich des Feuers zu fliehen. Shino stellt Kankurō und ermöglicht es Sasuke, Temari zu besiegen, bevor er sich Gaara stellt. Sasuke fällt Gaara in die Hände, wird aber von Naruto gerettet. Als Gaara sich in Shukaku verwandelt, beschwört Naruto Gamabunta, um die Verwandlung rückgängig zu machen. Tragischerweise verliert der dritte Hokage den Kampf gegen Orochimaru. Obwohl er Orochimaru die Arme versiegelt, erliegt er seinen Verletzungen und stirbt.
Der Tod des dritten Hokage macht die Ernennung eines neuen Hokage notwendig. Homura Mitokado und Koharu Utatane schlagen Jiraiya vor, der sich jedoch stattdessen auf die Suche nach Tsunade, dem dritten Sannin, macht. Jiraiya nimmt Naruto mit auf die Reise. Inzwischen sind Itachi und Kisame mit dem Auftrag, Naruto zu entführen, in Konoha angekommen. Es gelingt ihnen fast, aber sie geraten in einen Kampf mit Sasuke, den Itachi gewinnt. Geschwächt ziehen sie sich zurück.
Naruto und Jiraiya haben nun einen weiteren Grund, Tsunade zu finden - um Sasuke, Kakashi und Lee zu heilen. Während ihrer Suche versucht Jiraiya, Naruto das Rasengan beizubringen. Schließlich erfahren sie, dass sich Tsunade in der Nähe von Schloss Tanzakugai aufhält. Orochimaru, der ebenfalls auf der Suche nach Tsunade ist, um seine Arme zu heilen, zerstört das Schloss mit einer riesigen Schlange. Er bietet ihr an, Dan und Nawaki für ihre Hilfe wiederzubeleben und gibt ihr zehn Tage Zeit, sich zu entscheiden.
In dieser Zeit trifft sich Tsunade mit Naruto und Jiraiya und wettet mit Naruto um seine Halskette, wenn er innerhalb von zehn Tagen den Rasengan beherrscht. Nach Ablauf der Frist treten Tsunade, Shizune, Jiraiya und Naruto gegen Orochimaru und Kabuto an. In der darauf folgenden Schlacht werden Orochimaru und Kabuto besiegt und fliehen. Nachdem Naruto den Rasengan gemeistert hat, erhält er Tsunades Halskette und wird schließlich der fünfte Hokage. Sie heilt Kakashi und Sasuke, muss aber eine schwierige Entscheidung über die Operation von Lee treffen, deren Überlebenschancen nur bei 50% liegen. Von Guy ermutigt, unterzieht sich Lee mutig der Operation.
Sasuke fühlt sich unzulänglich, als er sieht, wie Naruto immer stärker wird. Schließlich kämpfen sie auf dem Dach des Krankenhauses, doch Kakashi geht dazwischen und hält sie auf. Trotz Kakashis Rat ist Sasuke entmutigt. In dieser Nacht versuchen vier Ninjas, bekannt als das Oto-Quartett, Sasuke zu überreden, sich ihnen anzuschließen und wenden dabei sogar Gewalt an. Schließlich willigt Sasuke ein, obwohl Sakura vergeblich versucht, ihn davon abzuhalten. Sasuke reist nach Otogakure.
Am nächsten Tag informiert Sakura Tsunade über den Vorfall und Tsunade beauftragt Shikamaru, ein Team zusammenzustellen, um Sasuke zu retten. Während sie sich auf den Weg machen, erfahren sie, dass andere Jōnin versucht haben, Sasuke zu retten und dabei gescheitert sind, was die Oto-Nin dazu veranlasst, eine Pause einzulegen. Shikamarus Team nutzt diese Gelegenheit für einen Hinterhalt, der jedoch erfolglos bleibt. In der Zwischenzeit erhält Sasuke eine Pille, die sein Juin verbessern soll, doch dafür muss er für einige Zeit in ein Gefäß gesperrt werden. Jirōbō stellt Shikamarus Team mit Doton Kekkai: Dorō Dōmu eine Falle und beginnt, ihnen Chakra zu entziehen.
Das Oto-Quartett lässt Jirōbo zurück, während er Shikamarus Team Chakra entzieht. Doch das Team entkommt geschickt aus dem steinernen Gefängnis. Chōji beschließt, gegen Jirōbo zu kämpfen, nachdem dieser Shikamaru beleidigt hat, und nach einem langen Kampf besiegt Chōji Jirōbo, bleibt aber stark geschwächt zurück und glaubt, sein Ende gefunden zu haben.
Als nächstes stellt sich Neji Kidōmaru, da er mit seinem Byakugan die Spinnennetze durchschneiden kann. Trotz eines erbitterten Kampfes geht Neji als Sieger hervor, ist aber schwer verletzt und glaubt, sein Ende gefunden zu haben. In der Zwischenzeit nimmt Orochimaru als letzten Ausweg einen neuen Körper an, und Kabuto, besorgt über den langsamen Fortschritt des Oto-Quartetts, schickt Kimimaro zur Unterstützung.
Kiba, Shikamaru und Naruto treten gegen Tayuya und Sakon an. Kiba, Akamaru und Sakon stürzen in eine Schlucht, während Shikamaru sich um Tayuya kümmert. Naruto kann sich Sasukes Schiff schnappen und fliehen, aber Kimimaro holt Sasuke zurück und kämpft gegen die Konoha-Ninjas.
Kiba steht Sakon gegenüber, einem starken Gegner mit einer einzigartigen Fähigkeit, da sein Bruder Ukon durch sein Kekkei Genkai in ihm lebt. Trotz aller Anstrengungen können Kiba und Akamaru Sakon nicht besiegen und müssen fliehen. Shikamaru kämpft gegen Tayuya, der Genjutsu beherrscht, und gerät in eine gefährliche Situation. Währenddessen bekommt Naruto Hilfe von Lee im Kampf gegen Kimimaro, während er Sasuke verfolgt. Obwohl Lee sich wacker schlägt, gelingt es ihm nicht, Kimimaro zu besiegen.
Gerade als die Situation für die Konoha-Ninjas aussichtslos erscheint, trifft Verstärkung aus Sunagakure ein. Temari unterstützt Shikamaru, Kankurō hilft Kiba und Gaara hilft Lee. Entschlossen besiegen sie die Oto-Nin und beseitigen die Bedrohung. Gaara hat einige Schwierigkeiten, aber schließlich besiegt er Kimimaro, der seiner Krankheit und nicht Gaaras Angriff erliegt.
Naruto holt Sasuke schließlich im Tal des Endes ein, wo sie sich auf ihren letzten Kampf vorbereiten. Mit neuer Kraft ist Sasuke bereit, sich seinem alten Freund und Rivalen zu stellen.
Naruto tritt gegen Sasuke an und scheint zunächst im Vorteil zu sein. Doch Sasuke gewinnt schnell die Oberhand. Als der Kampf ernster wird, prallen Sasukes Chidori und Narutos Rasengan ohne große Wirkung aufeinander. Während des Kampfes schaltet Sasuke das dritte Tomoe seines Sharingans frei, während Naruto sich in den Fuchsumhang verwandelt und einen Schwanz erhält.
Sasuke erreicht die zweite Stufe seines Juin und zeigt seine neu gewonnene Stärke. Er besiegt Naruto scheinbar, indem er ihn mit seinem Chidori durchbohrt, doch Narutos Kyūbi-Chakra heilt ihn. Der Kampf erreicht seinen Höhepunkt, als ihre Chidori und Rasengan erneut aufeinandertreffen. Nach einer Rückblende in ihre Vergangenheit endet der Kampf mit einem Sieg Sasukes, der Naruto bewusstlos zurücklässt.
Sasuke verschwindet daraufhin, um sich Orochimaru anzuschließen, während Naruto und der Rest des Shikamaru-Teams gerettet werden und sich von ihren Verletzungen erholen. Jiraiya beschließt schließlich, Naruto für die kommenden Herausforderungen zu trainieren und ihn auf die Gefahren vorzubereiten, denen er sich in zwei Jahren stellen muss.