Da jedes Ninjadorf Geld braucht, erfüllt es für viele Leute Missionen. Die Missionen werden in verschiede, vom Schwierigkeitsgrad abhängige, Ränge eingeteilt. Es gibt also A-, B-, C- und D-Rang Missionen. Die Einstufungen der Ränge macht der Kage jedes Dorfes. Je nach Rang der Mission hängt die Bezahlung des Kunden ab und welche Ninjas die Missionen ausführen können.
Unter D-Rang Missionen fallen sehr einfache Aufgaben. Daher werden zu hauptsächlich von Genins ausgeführt. Wenn ein Genin ein Chuunin werden möchte, muss er insgesamt 8 D-Rang Missionen erfüllt haben.
C-Rang Missionen sind typische Missionen, die von Chuunins ausgeführt werden. Zu den Aufgaben fallen unter anderen Botschaften zu übermitteln oder Personenschutz.
Missionen des Ranges B sind wesentlich gefährlicher als die vorigen genannten des Typs D und C. Es ist sehr unwahrscheinlich, dass man eine solche Mission unverletzt zu beendet, da ein Feindkontakt sehr wahrscheinlich ist.
Eine solche Mission wird meistens von einem Ninja des Ranges Chuunin oder Jounin ausgeführt.
Eine A-Rang Mission zeichnet sich durch den höchstens Schwierigkeitsgrad aus. Sie sind sehr gefährlich und es kann sogar vorkommen, dass man von einem solchen Einsatz nicht mehr lebendig zurückkehrt.
Diese Missionen werden normalerweise von den Elite-Ninjas eines Dorfes ausgeführt.