Mehr als 500 Jahre lang schlichen sich die Ninja in feindliche Festungen, sabotierten gegnerische Organisationen und verübten Anschläge: Geheimoperationen und Mordanschläge gehören untrennbar zur kriegerischen Zeit in Japans Mittelalter. Die Vorläufer der Ninja waren bereits im Jahre 940 als Spione hinter feindlichen Linien aktiv. Geheime Operationen von speziell ausgebildeten Gruppen oder Individuen sind jedoch erst für sehr viel später nachgewiesen. Ein Grossteil der Organisationen konzentrierte sich in der Region Iga und Koga.
Die Ninja waren Söldner in Japans bewegtem Mittelalter (von 950 bis 1600 nach Christus). Zu dieser Zeit herrschte in Japan die Kriegerkaste der Samurai - adelige Männer (und Frauen), für die Ehre mehr als alles andere zählte. Es war die Zeit der lokalen Fürsten („Daimyo“ - übersetzt „grosse Namen“), die miteinander um die Macht über ganz Japan kämpften. Samurai gingen stets offen in einen Kampf. Spionage, Hinterhalte und Sabotage galten als ehrlos. Ein Samurai wäre eher gestorben, als durch ein solches Vorgehen sein „Gesicht zu verlieren“. Und doch waren Agenten, Spione und Kundschafter unerlässliche Mittel der Kriegsführung. Wann immer im Japan des Mittelalters ein Fürst geheime Operationen durchführen wollte, musste er sich an die Schattenkrieger, die Ninja, wenden.
Der Begriff „Ninja“ (gesprochen mit leichtem „d” vor dem „ja“) ist nur eine Lesart des japanischen Zeichens für die Söldner. Eine andere lautet „Shinobi“, was genauso richtig ist. Der Begriff „Shinobi no mono“ (Schattenkrieger) beschreibt die Tätigkeit der Ninja am besten. Ihr grosser Vorteil gegenüber den Samurai war ihre Handlungsfreiheit. Während ein Samurai seinem Daimyo im Leben und im Tod verpflichtet war, suchten sich die Ninja ihre Auftraggeber selbst aus. Und wahllose Killer waren sie keineswegs: Geistliche Würdenträger waren als Ziele Tabu. Die spektakulärsten überlieferten Ninja-Operationen handeln von Attentaten auf mächtige Daimyo-Fürsten. Doch das Repertoire eines Shinobi war grösser als allgemein bekannt ist. Beim „Weg des Ninja“ handelte es sich um eine allumfassende Lehre.
Ninja zu sein hiess, alles über seine Feinde zu wissen. Und diesen Vorsprung in taktische Erfolge umzusetzen. Dabei genügte es den Shinobi nicht zu erfahren, wie der Gegner aussah, wo und wie er wohnte. Das Ausspionieren von feindlichen Festungsanlagen war zwar ein zentraler Punkt ihrer Tätigkeit, doch ihre Einsatzmöglichkeiten reichten noch viel weiter. Sie waren wohl die ersten wirklichen Geheimagenten und Profiler der Geschichte. Ninja, die einen Auftrag für einen Attentat bekamen, studierten ihre Ziele sorgfältig, bevor sie zur Tat schritten. Geheimhaltung war oberste Priorität. Um Erfolg zu haben, setzten sie Methoden ein, die noch heute genutzt werden.
Ninja waren Meister der Verkleidungskunst. Um ihre Ziele auszuspionieren, wechselten sie ihre Identität. Mal traten sie als bettelnder Wandermönch auf, mal als Artist, reisender Heilkundiger oder einfacher Händler. So konnten sie unauffällig Informationen sammeln; in vielen Fällen war damit die Mission schon erfüllt. Andernfalls musste der Spion erneut in Aktion treten.
Durch ihr umfassendes Wissen konnten Ninja für die Wachen unsichtbar die Verteidigungslinien des Gegners durchdringen. Ein Mord konnte bestenfalls eine kurze Zeit unbemerkt bleiben, doch dieser Vorsprung reichte den Eindringlingen oft aus. Lautlos (mit Gift, einem schnellen Schnitt oder Pfeil) töteten sie ihre Opfer und verschwanden ebenso unbemerkt, wie sie gekommen waren.
Sabotage war eine weitere Spezialität der Ninja. Oft griffen sie als lokale Wachen verkleidet ihre vermeintlichen Verbündeten an. Panik und Angst vor Verrat waren die Folge. Die Verwirrung wurde häufig noch durch den Einsatz von Rauchbomben erhöht. Dies war ein gern genutztes Signal für einen Angriff von aussen. Die Verteidigung war im entscheidenden Moment geschwächt, die Burg fiel an den Angreifer und Auftraggeber.
Das dazu nötige Wissen wurde den Ninja schon von Geburt an eingetrichtert.