Und weiter geht’s zur „geheimen Mission“, doch die Weiterfahrt ereignet sich schwieriger als gedacht, denn plötzlich zieht ein starker Sturm auf. Kaum hat sich der Sturm beruhigt wird das Schiff von jemanden mit Briefbomben attackiert. Die starke Explosion lässt das Schiff in zwei Stücke reisen. Es stellt sich heraus, dass es eine Piratenflotte war, die eine nahegelegene Insel unter Kontrolle hat, von der aus gefeuert wird. Naruto stellt sich dem Kapitän zum Kampf, wird jedoch von ihm überrumpelt und verliert dabei sein Stirnband und muss sich vorerst zurückziehen.
Mit einem U-Boot, das von Yamato gefertigt wurde, wird Naruto aufgefangen. Der Rest des ehemaligen Schiffes, die es geschafft haben, versuchen den Angreifern auszuweichen. Doch die vielen Briefbomben der Piraten und der Wasserdruck setzen dem U-Boot stark zu, so dass sie sich nur knapp in eine mit Luft gefüllte Höhle retten können, von der ein Sensor-Shinobi einen Unterwassereingang entdeckt. Dort beschliesst das Team erstmal eine Pause einzulegen und entdeckt ausserdem, dass es dort heisse Quellen gibt. Später auf dem weiteren Weg erfahren sie von einem Tagebuch einer Leiche, dass die Inselbewohner seit Jahrzehnten von den Piraten bedroht werden und sie dadurch ihre Insel verloren haben. Aus Angst flohen diese in die Höhlen, doch auch dort konnten sie nicht weiterleben. Naruto schwört die Insel von den Piraten zu befreien und beschliesst sein Stirnband zurückzuholen. Plötzlich sehen sie, dass ein grosser Schacht nach oben an das Tageslicht führt. Sofort heckt Naruto einen Plan aus. Mit vereinten Kräften schaffen sie es, das von Yamato wieder zusammengeflickte Schiff direkt in den Schacht zu ziehen und dieses mit Wasser aus unterirdischen heissen Quellen zu fluten, so dass es nach oben getrieben wird.
Ihnen gelingt es sich auf dem höchsten Punkt der Insel zu katapultieren, einem Vulkankrater. Auf Narutos Ansage hin rast das Schiff auf einem Wassergraben den Vulkankrater hinunter und lässt beim Aufprall auf die Wasseroberfläche alle Piratenschiffe kentern. Nach erledigter Arbeit hat Naruto wieder sein Stirnband und der Piratenkapitän treibt gefesselt auf Holztrümmer im Meer. Die Einwohner der Insel bedanken sich herzlich bei Naruto. Dieser und sein Team machen sich nun weiter zur „geheimen Mission“.