Pain ist der vermeintliche Anführer der Akatsuki. Er ist der Partner von Konan und derjenige, der die Bijuus versiegelt. Jedoch scheint er nicht der wahre Anführer zu sein, denn zwei Unbekannte weitere Mitglieder haben ihm Befehle erteilt und auch Tobi tat dies. Wie sich herausstellt, kann er das Wetter kontrollieren und wird von allen Bewohner aus Amegakure als Gott angesehen. Zudem besitzt Pain das Rinnegan und kann deshalb die Körper anderer Personen übernehmen und kontrollieren. Pain ist eigentlich Nagato. Die anderen Pains sind Leichen und werden von seinem Chakra gesteuert. Der Anführer der Leichen ist der Tote Yahiko, damals auch Schüler Jirajas und Teiler seines Schicksals. Yahiko war Nagatos Freund, den Nagato immer bewundert hat. Yahikos Traum war es immer den Frieden zu bringen und als er starb uebernahm Nagato seinen Traum. Da Nagato aber merkte, dass er das nicht alleine schaffen kann gründete er die Organisation Akatsuki.