Der Film beginnt mit einem Kampf, nachts an einem abgelegenen Strand, zwischen den Sunagakure Ninjas und einige Soldaten. Trotz ihrer Bemühungen werden die Sand-Ninja langsam durch die blosse Stärke ihrer geheimnisvollen Konkurrenten überwältigt.
Die Konoha-Ninja Naruto, Sakura und Shikamaru liefern ein verloren gegangenes Haustier wieder bei seinem Besitzer ab. Jedoch werden sie von einem mysteriöser Ritter namens Temujin abgefangen und angegriffen. Der Kampf kann allerdings nicht beendet werden, weil Temujin und Naruto eine Klippe runter stürzen. Als Shikamaru und Sakura bemerkten was mit Naruto passiert ist tauchte ein riesiges Schiff auf.
Als Naruto aufwachte war er verarztet und lag in einem Bett. Er befand sich in einer reisenden Karawane. Ausserdem lag Temujin schlafend im Bett neben ihm. Das Haustier welches Naruko, Sakura und Shikamaru eingefangen hatte schien sehr begeistert von Temujin zu sein. Als dieser aufwachte rannte es gleich zu ihm. Die Karawane ist Teil eines reisenden Landes.
Unterdessen teilten sich Sakura und Shikamaru auf um nach Naruto zu suchen. Shikamaru spionierte in einer Festung und fand dort riesige Kapseln mit Kindern darin. Zwei Frauen mit einer ähnlichen Rüstung wie sie Temujin trug redeten über einen Gelel Stein.
In dem Film geht es um einen Stein der Gelel Stein genannt wird. Dieser hat eine starke und mysteriöse Kraft. Früher gab es einen Clan der diese Kraft kontrollieren konnte (die Karawane und Temujin gehören zu dem Clan), aber sie wurden wegen der Kämpfe um den Stein aufgelöst.
Der Film spielt sich irgendwo zwischen Episode 135 und 174 ab.